クリスタのページ管理ファイル上でページの入れ替えなどを行って、ファイル名のナンバリングがページ順通りになっていないままでも、クリスタから「一括書き出し」をする場合は「ページファイル名の整列」を実行しないまま書き出しても大丈夫です。ご安心ください。
「ページファイル名の整列」は、クリスタ上だけでページを扱っている場合はそんなに気にしなくても大丈夫です。クリスタ上ではなくページファイル単品をエクスプローラーやファインダーなどで扱う場合、ページとファイル名が一致しないと困る、という時に実行すればOKです
なお「一括書き出し」の時の書き出しファイルのナンバリングは「作品基本設定」の「ノンブル」の数値から開始されます。ノンブル自体は非表示でも数値の設定は生きています。「ページ番号」の方ではないのでご注意ください 。
商業誌などでノンブルを入れなくていい原稿の場合、ここをいじろうとはあんまり思いつかないかと思われますのでご注意ください。